Une découverte a été faite en septembre 2016 sur une route d'Inverness et a révélé les restes d'une maison ronde (en) dans lesquels ont été retrouvés une pointe de flèche et des morceaux de poterie, notamment des outils en pierre ou en silex ainsi que des pipes en argile. L'ensemble remonterait à la Préhistoire et atteste d'une industrie métallurgique2.

Inverness était une place forte des Pictes. Elle est visitée en 565 par saint Colomba dans l’intention de convertir le roi picte Brude. Le roi Brude est supposé avoir vécu dans le fort de Craig Phadrig à 2,4 km à l’ouest de la ville. Le château d’Inverness aurait été construit par Malcolm Canmore après qu’il eut rasé le précédent château dans lequel Macbeth aurait tué Duncan.

Guillaume le Lion accorde quatre chartes royales à Inverness, dont une par laquelle il crée un burgh royal. Alexandre II crée en 1233 une abbaye dominicaine dont il reste peu de vestiges.

Sur le chemin de la bataille de Harlaw en 1411, Donald Lord of the Isles dévaste la ville. Seize ans plus tard, Jacques Ier convoque au château les chefs du nord et trois d’entre eux seront exécutés pour avoir revendiqué leur indépendance.

En 1562, afin de mettre un terme à l’insurrection du comte Huntly, Marie Stuart se rend à Inverness et se voit refuser l’accès au château qui appartenait alors aux factions du comte. La maison dans laquelle elle séjourna est toujours visible dans Bridge Street. La fête de Marymass fair, le samedi le plus proche du 15 août, serait pour commémorer aussi bien Marie Stuart que la Vierge Marie.

Au-delà des limites nord de la ville, Oliver Cromwell fait édifier un fort capable d’abriter 1 000 hommes ; mais à l’exception d’un bout des remparts, il fut démoli dès la Restauration. En 1715, les Jacobites occupent la forteresse royale. En 1727, le gouvernement construit le fort Georges qui tombe en 1746 entre les mains des jacobites, qui le font exploser.

Le 7 septembre 1921, le seul cabinet ministériel du Royaume-Uni à avoir lieu hors de Londres, se réunit à Inverness, quand David Lloyd George, en vacances à Gairloch convoque une réunion de crise pour traiter de la situation en Irlande. La réunion d’Inverness servira de base au Traité anglo-irlandais.

Inverness s’est vu accorder le statut de cité par la reine en décembre 2000. Inverness est la seule ville des Highlands à posséder ce statut et seules Édimbourg, Glasgow, Dundee, Stirling, Aberdeen et Perth le possèdent en Écosse.