Les Amérindiens pueblos, descendants des Anasazis, ont été les premiers occupants de la région. Ils y ont laissé de nombreux pétroglyphes.

La vieille ville espagnole d'Albuquerque fut fondée en 1706 comme poste colonial espagnol. Albuquerque était alors une communauté fermière et formait un complexe militaire stratégique le long du Camino Real. La ville d'Albuquerque fut construite selon le plan traditionnel des villages espagnols : une place centrale (plaza) entourée de bâtiments administratifs, de maisons et d'une église. Le village d'origine a été nommé par le gouverneur Cuervo y Valdés en hommage au duc d'Alburquerque, vice-roi de la Nouvelle-Espagne de 1702 à 1710. Le premier « r » dans Alburquerque disparut au XIXe siècle, apparemment par la faute d'un chef de gare anglo-américain incapable de prononcer le nom (dû à la tendance des anglophones de supprimer tout « r » dans une syllabe phonétique si peu naturelle en anglais). Le nom du titre de duc d'Alburquerque lui-même vient du nom de la ville espagnole du même nom, formé de albus, « blanc » et de quercus, « le chêne »2. Dans les années 1990, les trolleybus de Central Avenue furent décorés avec le nom Alburquerque, en l'honneur du nom historique de la ville. la ville qui a vu naître le premier logiciel édité par Microsoft (appelé alors Micro-Soft), fondée pour l'occasion le 4 avril 1975